一期工程：1998年1月27日正式開工，到2000年3月完成，航道水深從7米增深到8.5米，實現歷史性跨。

二期工程：2002年4月開工，2005年3月10米水深北槽雙向航道全面貫通，航道水深由8.5米增深到10米，2005年11月通過國家驗收，并同期延伸到南京。

三期工程：2006年9月開工建設，2010年3月14日前達到全槽貫通12.5米航道水深的目標。

跨世紀宏偉工程——長江口深水航道三期工程12.5米水深全線貫通。交通運輸部3月14日在滬宣布，國家“十一五”重點工程長江口深水航道三期治理工程順利通過交工驗收，“打通攔門沙，治理長江口”的百年夢想終于實現。整個工程歷時12年、耗資150多億元，從東海到上海外高橋碼頭，打造出一條水深12.5米、全長92.2公里、底寬350米至400米的雙向“水上高速通道”，拔掉了卡在長江口進出東海咽喉要道的“骨鯁”。這不僅是迄今為止中國最大的水運工程，也是世界最大的河口整治工程。

目前，長江口深水航道能滿足第三、四代集裝箱船和5萬噸級船舶全潮雙向通航的要求，同時兼顧滿足第五、六代大型遠洋集裝箱船和10萬噸級滿載散貨船及20萬噸級減載散貨船乘潮通過長江口的要求。

長期以來，長江口因受到巨大潮量、徑流量和流域來沙量影響，河口河槽演變復雜。長江口通航航道所處的攔門沙河段，自然水深僅6米，成為通航瓶頸，制約了上海、長江三角洲及長江流域經濟的發展。

航運界有“一寸水深一寸金”之說，長江口通航水深從7米提高到12.5米，大大提升了長江“黃金水道”的航運能力。據統計，深水航道開通前，5萬噸級以上船舶幾乎無法進出長江口航道，而現在平均每天超過13艘次；吃水大于10米的船舶，由平均每天不到1艘次增加到30艘次。目前上海港的貨物吞吐量已穩居世界第一，集裝箱吞吐量穩居全球第二。長江口深水航道治理工程對上海國際航運中心建設起到了重要的支撐作用。

一、二期治理工程成功實施后，10米水深航道向上延伸至南京，使南京以下425公里航道兩側160公里深水岸線得到更加充分的利用。長江南京以下兩岸港口可以直接連接海運航線，內河港變成了海港，形成了嶄新的發展格局。三期治理工程完工后，長江口航道水深達到12.5米并將于年內向上延伸至太倉，將進一步促進長江水系形成與長江口深水航道相銜接、干流通暢、干支直達的高等級航道體系；進一步促進形成以上海國際航運中心為龍頭，布局合理、層次分明、分工協作、優勢互補的長江港口體系；進一步加快長江黃金水道向上延伸的進程，充分發揮長江黃金水道的作用，帶動沿江中西部經濟的崛起。

專家表示，長江口深水航道12.5米水深的貫通，能在較長一段時間內滿足貨物運輸量快速增長和船舶大型化發展的需要。長江口深水航道治理工程是一項世界級的工程，先后克服了一期工程航道驟淤、二期工程地基土軟化、三期工程航道增深困難等重大工程技術難題，取得了具有國際先進水平的成套技術科技成果。通過一、二、三期工程的實施，建設各類導堤、丁壩長約180公里，基建性疏浚3.1億立方米，最終形成了全長92.2公里、底寬350—400米的雙向航道。