1998年長江流域發生了流域性的大洪水，黨中央國務院高度重視長江防洪體系建設，大幅度增加了對長江堤防工程建設的資金投入。1999年8月25日國務院第46次總理辦公會議決定，長江一、二級堤防和重點堤防工程的穿堤建筑物、基礎加固和防滲處理、拋石固基等施工難度大、技術要求高的工程（簡稱長江重要堤防隱蔽工程）由水利部長江水利委員會負責組織建設并承擔相應責任。國務院隨后又以國發[2000]20號文進一步明確。

　　長江重要堤防隱蔽工程（以下簡稱“隱蔽工程”）共計包含28個項目，工程區位于湖北、湖南、安徽、江西等四省所轄范圍內的長江堤防及重要支流漢江、贛江大堤等2000多公里堤防上，其中長江干堤18項，支流堤防2項，河勢控制或崩岸整治工程8項。

　　該工程主要建設內容包括防滲工程、護岸工程、穿堤建筑物加固等三類。防滲工程主要建設內容有土方開挖、回填，水泥土防滲墻、塑性混凝土防滲墻、高噴防滲墻，堤身錐探灌漿，堤身斜面土工膜、混凝土預制塊護坡、草皮護坡，吹填蓋重、壓浸平臺、粘土鋪蓋、堤內外填塘固基，減壓井（溝）及其排水系統，新防洪墻建設與老防洪墻加固，堤頂防汛道路和安全監測等。護岸工程主要建設內容有土方開挖、回填，干（漿）砌石、混凝土預制塊護坡，導濾溝，混凝土系排梁澆筑，水下拋石、拋柴枕、沉放鋼絲網石籠、鉸鏈混凝土預制塊沉排及模袋混凝土（砂），鋼筋混凝土抗滑樁或水泥土攪拌阻滑樁等。穿堤建筑物加固工程共有8座涵閘，分除險加固、原址重建、原址改建、移址改建4種形式。

　　隱蔽工程自2000年元月起陸續開工，于2004年完工。工程于2005年12月通過了水利部主持的竣工驗收。隱蔽工程28個項目的設計概算為647,46488萬元，由于下荊江河勢控制工程（湖北段）等3個河控項目國家投資計劃未全額下達，實際實施完成概算投資為610,026萬元，實際使用資金467,952.36萬元。

　　隱蔽工程嚴格按項目法人責任制、工程監理制、招標投標制、合同管理制運作。工程建設符合國家有關規程、規范要求，建設中采用了新材料、新技術和新工藝。工程質量滿足設計要求，質量全部合格，分部工程優良率達72%。工程投資控制有效。建設征地已按批準的設計完成，移民得到妥善安置且生產生活條件得到改善。水土保持、環境保護措施全面落實，符合“三同時”制度。隱蔽工程的建成，極大的降低和減少了因崩岸和滲透對長江大堤安全構成的威脅，極大提高了長江干堤的防洪能力，增強了河勢的穩定性。對保護區內人民生命財產安全、構建和諧社會環境、實現地區工農業生產持續發展有重要作用，是一項功在當代，利在千秋、造福子孫的民心工程。建成后的工程經過8~10年的運行，經受了考驗，發揮了顯著的防洪減災效益。