1964年，畢業于并留校任教至今。現任校學位委員會常務副主任、校學術委員會副主任、學位委員會副主任、國家同步輻射實驗室理事長、國家同步輻射實驗室研究員、博士生導師。

1995年5月，當選中國工程院院士。

加速器物理和技術、自由電子激光。承擔過的主要研究項目有：合肥同步輻射加速器及光束線實驗站的預研、設計、建造和調試，基于電子直線加速器的紅外康普敦型自由電子激光研究，短波長相干諧波輻射儲存環自由電子激光研究、上海深紫外自由電子激光實驗裝置前期研究。

從1977年開始，作為技術總負責人，主持完成了中國第一臺專用同步輻射光源——合肥同步輻射加速器的預研、設計、建造和調試，開創了中國的同步輻射科技領域。所建實驗室是國家計委批準建設的中國第一個國家實驗室。

1983年至今，還從事自由電子激光研究，進行第四代同步輻射光源的探索。目前正進行基于儲存環和基于直線加速器的短波長自由電子激光研究。

作為技術總負責人——總工程師，主持完成了合肥同步輻射加速器及光束線實驗站的預研、設計、建造和調試，建成800 MeV電子儲存環、200 MeV電子直線加速器、5條同步輻射光束線和5個實驗站，經原國家科委組織和主持的國家鑒定認為，其主要性能指標達到國際同類加速器先進水平。 ^[2] 

曾獎國家科技進步一等獎、中科院科技進步特等獎、何梁何利科技進步獎、安徽省重大成就獎等多項科學技術獎勵。

“合肥同步輻射裝置預研制和物理設計”項目獲1981年中國科學院重大科技成果一等獎

“合肥同步輻射加速器及光束線實驗站”項目獲1992年中國科學院科技進步特等獎。1995年國家科技進步一等獎。

“康普敦型自由電子激光的理論和實驗研究”項目獲1995年中國科學院自然科學三等獎

“激光沖擊硬化系統及其應用”項目獲中國科學院1999年科技進步二等獎。

2007年獲全國模范教師稱號。 ^[3] 

1992年獲國家級有突出貢獻中青年專家稱號

1997年獲何梁何利科學技術進步獎

2003年獲安徽省重大科技成就獎

何多慧兼任北京正負電子對撞機國家實驗室學術委員會主任、中國粒子加速器學會理事長。

何多慧是中國同步輻射事業的開創者之一。