1937年抗日戰爭爆發后，土木工程系隨學校南遷長沙、昆明，以本系為主成立西南聯合大學土木工程系，設結構、鐵路道路、水利、市政衛生四科。1946年土木工程系遷回清華園。

新中國成立后,1952年全國高校院系調整，北京大學、燕京大學的土木系并入清華大學土木系，設有工業與民用建筑設計、建筑施工、給排水、暖通、建筑材料五個專業，學制5年。同年水利學科單獨建立水利水電工程系。1960年與建筑系合并成立土木建筑系。1966年“文化大革命”爆發，停止招生數年。到1970年招收第一屆工農兵學員。同年，土木建筑系改稱建筑工程系。

1977年恢復統一考試，招收“文革”后的第一批本科生，1978年招收“文革”后的第一批研究生。1979年暖通專業調入熱能工程系。1980年建筑工程系分成建筑系、土木與環境工程系，1984年土木與環境工程系又分為土木工程系、環境工程系。1986年土木工程系增設“建筑管理”專業。 ^[1] 

2000年，為適應形勢的需要，在土木工程系和水利水電工程系的基礎上成立了土木水利學院，同時在建筑管理專業的基礎上組建了建設管理系。

李慶海 1946-1948

1940-1946年任昆明西南聯大教授兼土木系主任。

1946-1948年任清華大學土木系教授、土木系主任并代理工學院院長。

1948年在美國哈佛大學進行訪問研究半年，任臺灣大學土木系教授。

1949-1950年任廣州嶺南大學教授。

1950-1952年任北京大學工學院土木系教授，兼任衛生工程系主任。

1952-1954年任清華大學土木系教授，給水排水教研室主任。

1954-1956年任清華大學土木系教授，土木系副主任。

1957-1959年任清華大學土木系教授兼系主任

1960-1966年任清華大學土木建筑系教授兼系主任

王國周 1980-1984

江見鯨 1996.07-1997.11

劉西拉 1997.02-1998.01

1998.01-1998.07

1992.04-1998.02 清華大學土木工程系，副系主任

1998.01-1998.12 清華大學土木工程系，系主任

1998.11-2003.06 清華大學熱電聯供工程項目建設辦公室，主任

2001.11-2002.01 清華大學土木水利學院，副院長

2003.06-2011.12 清華大學土木水利學院，常務副院長

袁 駟

宋二祥

1998.07-2012.01