1962年，畢業于華東化工學院有機化工系。1962年9月到中國科學院上海藥物研究所工作。

1980-1982年，在美國加州大學從事博士后研究。

1992-1996年擔任中國科學院上海生物工程研究中心主任、黨委書記。

1997年當選為中國工程院院士。

中科院生物技術專家委員會主任委員，中科院新藥專家委員會副主任委員、國家“863”生物技術領域專家委員會委員、上海市科技進步專家咨詢委員等。

2014年11月26日，正式入職鄭州大學第一附屬醫院全職院士 ^[2]  ，華東理工大學、上海交通大學、中國科技大學兼職教授。華東理工大學生物工程學院名譽院長。

楊勝利所主持的青霉素酰化酶基因工程研究中建立了基因克隆、定位表達系統，并采用DNA體內重組提高質粒的穩定性，優化了宿主和表達的條件，構建了高穩定性、高表達的基因工程菌，主要技術指標優于國際同類基因工程菌，發展了基因工程菌膜反應器，已于1990年用于工業生產。并致力于將微生物血紅蛋白、熱休克蛋白、分子伴侶等基因用于工業生產菌株的優化，推動基因工程和代謝工程在醫藥和工業生物技術產業中的應用。他還在分子藥理學、微生物血紅蛋白和蛇毒基因工程、蛋白酶蛋白質工程、分子伴侶等方面進行了開拓性的創新研究，取得了一系列成果。

1988年獲中科院科技進步一等獎。1989年獲中科院第二屆億利達科技獎。近幾年來，在分子藥理學研究、微生物血紅蛋白基因研究、蛇毒基因研究等方面不斷創新開拓，取得了一系列新成果。在國內外重要科技刊物上發表論文70余篇。

楊勝利教授從事醫藥生物技術、生物化學與分子生物學、系統生物學科研、教學工作。是中國最早開展系統生物學研究科學家之一。先后開展新抗生素及細菌耐藥性的研究、大腸桿菌表達質粒及宿主工程、血紅蛋白能量代謝工程、枯草桿菌蛋白酶蛋白質工程、分子伴侶等研究。所研制的青霉素酰化酶工程，表達量高，穩定性好，超過了當時的國際先進水平。取得了一系列成果，為醫藥生物技術領域做出了重要貢獻。主要從事肝癌功能基因組學和系統生物學研究工作。先后承擔國家科研項目13項，已獲獎4項，其中獲省部級一等獎2項。楊勝利教授共發表論文90余篇，獲中國發明專利26項。現任上海交通大學系統生物學研究所所長、系統生物醫學研究中心學委會主任。 ^[3] 

生物化工專業、生物化學與分子生物學專業博士生導師和碩士生導師。培養博士研究生19名，碩士研究生14名。

1991年起享受國務院特殊津貼，1993年享受上海市特殊津貼。