開禧元年（1205年），撤銷華亭縣市舶務(wù)。

開禧三年（1207年），黃姚鎮(zhèn)（位于寶山境內(nèi)，接近吳淞江口，今已陷于江中）成為兩廣、福建、浙江大商海船輻輳之地。臣僚上言：設(shè)置黃姚稅場。

景定末或咸淳初年（1265年前后），上海設(shè)鎮(zhèn)，置市舶提舉分司。由繆相之任市舶官，上海鎮(zhèn)取代青龍鎮(zhèn)成為對外貿(mào)易之新港口。

咸淳三年（1267年），董楷提舉上海市舶分司，兼領(lǐng)鎮(zhèn)監(jiān)。

咸淳七年（1271年），陳珩提舉上海市舶分司，重修順濟(jì)廟（即清時在小東門外的天妃宮），作為海舶進(jìn)出港口的禱祀中心。

元至元十四年（1277年），元政府在上海設(shè)市舶司。是年原宋上海市舶分司使費(fèi)案，以上海鎮(zhèn)歸附元朝，被封為宣武將軍管軍總管，兼鎮(zhèn)守上海總管府事。費(fèi)案將船戶登記，得船數(shù)千艘，實(shí)行官辦，免其徭役，且用三十稅一之稅額，航運(yùn)振興；同年元丞相伯顏命朱清、張碹將宋朝帑藏由上海經(jīng)海路運(yùn)至大都（北京）。

至元十七年（1280年），上海市舶官王楠提出“雙抽蕃貨，單抽土貨”的稅收政策。

至元十九年（1282年），朱清、張碹與上海總管羅壁一起創(chuàng)行海運(yùn)漕糧至大都（北京），自至元二十年（1283年）至天歷二年（1329年）歷時46年，共計(jì)海運(yùn)漕糧8300萬石。

大德二年（1298年），元政府撤銷上海市舶司，上海地區(qū)港1：3貿(mào)易重心轉(zhuǎn)移至劉家港（今江蘇省太倉市瀏河鎮(zhèn)）。

明永樂元年至二年（1403-1404年），戶部尚書夏原吉治水蘇松，形成新的通海河道-黃浦江。

永樂十年（1412年），在長江口筑土為山（即寶山），立堠為志，以為進(jìn)出口海船往來之望。

嘉靖元年（1522年），李充嗣帶領(lǐng)民工自夏駕浦引吳淞江水從宋家浜至陸家嘴與黃浦江合流。至此，黃浦江水系定型。

清順治十二年（1655年），清政府頒布禁海令，嚴(yán)禁商民下海貿(mào)易，犯禁的不論官民一律處斬，貨物入官。港口航運(yùn)貿(mào)易受到嚴(yán)重影響。

康熙二十三年（1684年），清政府解除海禁，開海貿(mào)易。

康熙二十四年（1685年），上海沒立江海關(guān)，關(guān)址初設(shè)華亭縣渫闕（今奉賢縣境內(nèi)），兩年后移至上海縣城寶帶門內(nèi)（今南市小東門）舊察院，專司江蘇地區(qū)海洋船舶稅鈔。

康熙五十四年（1715年），上海港第一座由上海和崇明籍沙船海商建造的商船會館落成。

康熙五十六年（1717年），清政府為遏制西方商船北上貿(mào)易，禁止在上海口岸從事南洋貿(mào)易，但東洋貿(mào)易照常。

乾隆二十二年（1757年），清政府宣布封閉江、浙、閩三處海關(guān)（只禁外輪），僅留廣州一關(guān)對外通商貿(mào)易。特許上海、乍浦二港船舶去日本運(yùn)銅。

嘉慶八年（1803年），上海縣頒布《上海縣為籮夫扛夫議定腳價定界地告示碑》，規(guī)定籮夫?qū)Ｊ聝?nèi)貿(mào)船貨的裝卸搬運(yùn)；扛夫?qū)Ｊ峦赓Q(mào)貨船的裝卸搬運(yùn)。

道光五年（1825年），協(xié)辦大學(xué)士英和上《海運(yùn)疏略》要求重開上海漕運(yùn)。第二年，從上海雇沙船裝運(yùn)漕糧直運(yùn)天津。

道光十一年（1831年）七月，德籍傳教士郭士立（Gtitzlaff），乘中國商船從暹羅（今泰國）來到上海，收集航運(yùn)、經(jīng)濟(jì)情報。

道光十二年（1832年）正月二十五日（2月26日），英國人林賽（Lindsay）伙同郭士立，乘東印度公司的“阿美士德”（AmheIst）號鴉片船，從澳門起碇；同年五月二十二日（6月20日），闖人黃浦江，在上海停留19天。他們測量航道，繪制海圖，查點(diǎn)進(jìn)出上海港的船舶；同年十月至十一月間郭士立搭乘飛剪船“氣精號”（Ariel）再次到達(dá)上海，停留10天，繼續(xù)偵察。

道光十五年（1835年）九月六日（10月8日），英國傳教士麥都士（Medhurst），乘一艘雙桅飛剪船到上海窺探。

道光二十二年（1842年）五月十一日（6月19日），英軍占領(lǐng)上海縣城；同年七月二十四日（8月29日），《中英南京條約》簽訂，上海定為5個通商口岸之一。是年英國海軍強(qiáng)制測量了長江口至南京河段，繪制成“徐六涇至海”草測海圖。

道光二十三年（1843年）二月二十三日（3月3日），三艘美船抵吳淞口外，欲至上海貿(mào)易；十五日，又來一艘美船，均令其赴廣州貿(mào)易。

道光二十四年（1844年），年底駐滬英國領(lǐng)事向在滬的英國船員和退休船長簽發(fā)上海港引水執(zhí)照，開外國人充當(dāng)上海港引水員之先例。是年停泊在吳淞口的鴉片躉船，增至6艘。

道光二十五年（1845年）一至二月間，美國商船“巴拿馬”號（Panama）駛?cè)肷虾８郏煌晔恢潦麻g，上海道宮慕久撤西洋商船盤驗(yàn)所，在縣城北門外頭壩南面浦設(shè)立江海關(guān)新關(guān)，專司西洋各國商船稅務(wù)，并設(shè)南北兩卡，以資稽察。是年英國人首先在外灘沿江建起了2座駁船碼頭，一座供英國船舶駁運(yùn)裝卸使用，一座專供海關(guān)驗(yàn)貨用。

道光二十六年（1846年）九至十月間，英領(lǐng)事阿禮國（R．Alcock）發(fā)布通告，公布《上海港埠章程》；同年十至十一月間，英國居留地（郎后來的英租界）成立了道路碼頭委員會（Roads and Jet． ties Commitee），專門管理租界內(nèi)道路碼頭的建筑事務(wù)，包括建筑公用碼頭或替各洋行代建私用碼頭。當(dāng)年，道路碼頭委員會為洋行建成4座駁船碼頭。是年上海道撥款在長江口銅沙淺灘設(shè)置燈船，并在吳淞口外設(shè)立了一些航行標(biāo)記。

道光二十七年（1847年）二月六13（3月22日），上海道公布《上海港船只錨地章程》，其中規(guī)定在黃浦江東岸必須一直保留一條通道，以便各國船只可以自由通行；同年六至七月（8月），英國副領(lǐng)事羅伯遜（Robertson）和巴夏SL（Parkes Ham，）坐木船督率工人在吳淞口外長江北岸，最容易發(fā)生沉船事故的北灘樹立了一個燈樁。是年清政府在揚(yáng)子江口北岸和南岸淺灘先后設(shè)立航標(biāo)。

道光二十八年（1848年）七月一日（7月30日），一艘俄國商船裝運(yùn)狐皮、面粉至上海銷賣，祈準(zhǔn)驗(yàn)卸。這是第一艘來上海港的俄國商船。

道光三十年（1850年）二至三月，大英輪船公司（Peninsular&Oriental）的明輪船“瑪麗伍德夫人”【載重量553噸，250馬力（183千瓦）】開辟上海-香港的定期班輪航線，此為上海港第一條客貨班輪航線；同年六月二十五日（8月2日）英租界租地人大會通過道路碼頭委員會工作報告，議決“所有起岸或裝出的貨物，不論在公共碼頭或私人碼頭，一律征收碼頭捐。”

咸豐元年（1851年）八月二十九日（9月24日），由各國領(lǐng)事聯(lián)名在《北華捷報》上發(fā)表了一個通告，宣布上海道臺任命美國人貝萊士（N．Baylies）為上海港的港務(wù)長。同時發(fā)布了《上海港口管理章程》。

咸豐三年（1853年），英商在浦東建董家渡船塢。

咸豐五年（1855年）十一月二日（12月10日），英、美、法領(lǐng)事聯(lián)名公布《上海港引水章程》。

咸豐六年（1856年）十至十一月間，長江口北岸標(biāo)樁處建磚塔一座，白天導(dǎo)航，稱“塔標(biāo)”。

咸豐七年（1857年）二至三月間，英國海軍復(fù)在揚(yáng)子江口及吳淞設(shè)置棱形鐵質(zhì)浮筒8具；是年在今漢口路外灘建成了一座古廟式的江海關(guān)關(guān)署。

咸豐八年（1858年）一至二月間，吳淞內(nèi)沙又設(shè)置兩艘航標(biāo)船，分別漆為紅、白二色，并各懸掛紅、白二色旗幟。

咸豐九年（1859年），海關(guān)頒布《黃浦江河泊章程》，規(guī)定洋船停泊區(qū)的上限自洋涇浜北岸（今延安東路）擴(kuò)展到天后宮（今十六鋪附近），下限自蘇州河南岸擴(kuò)至虹口新船塢（今高陽裝卸公司公平路碼頭）。

咸豐十年（1860年），海關(guān)巡工司首次在張華浜吳淞信號站設(shè)立水尺。

咸豐十一年（1861年），英商寶順洋行（Dent BeMe&Co．）和美商旗昌洋行（RusseH&Co．）分別在虹口建造輪船碼頭。

同治三年（1864年），海江海新關(guān)，在殷行鄉(xiāng)張華浜沿浦灘設(shè)理船廳，建造碼頭，藉以稽察輪船之出入。

同治五年（1866年），美國太平洋郵輪公司（Pacific Mail S．N．Co．亦稱萬昌輪船公司）開設(shè)上海經(jīng)日本瀨戶至橫濱的航線。

同治六年（1867年）九月，美國太平洋郵船公司輪船“哥斯達(dá)黎加”號（Costa Riea）由舊金山駛抵上海，由此開辟了舊金山至上海航線。

同治七年（1868年）正月，旗昌洋行開始架設(shè)電報線，從虹口該行所在地至法租界金利源碼頭貨棧，全長2英里半（4.023公里）。四月十二日（5月4日）總稅務(wù)司赫德（R．Haa）發(fā)出成立上海港港警組織的通知。

同治八年（1869年）正月，上海港港警隊(duì)伍正式成立。

同治九年（1870年），上海港建成花鳥山燈塔。

同治十年（1871年），上海港建成成佘山燈塔。

同治十一年（1873年），輪船招商局在上海成立，并購置上海、天津碼頭、棧房。是年在吳淞口左岸修建了吳淞燈塔。

光緒十二年（1886年），北德意志輪船公司（Norddeutscher Lloyd）開辟了不來梅和上海之間的航線。

光緒十三年（1887年），商昌興火輪船公司（Canadian Pacific Railway Co．’s Royal Mail Ship une）開辟了加拿大西岸的溫哥華和維多利亞至上海、香港的航線。

光緒二十九年（1903年），江海關(guān)港務(wù)長在上海建成“江興”號牽引信號燈船，并在長江口下游承擔(dān)任務(wù)。

光緒三十三年（1907年），浦江整治重點(diǎn)工程-吳淞口西導(dǎo)堤動工，堤身自吳淞口（今海軍碼頭）朝東北呈弧形向長江伸展，長4575英尺（1395米）。

民國元年（1912年）1月，在吳淞口炮臺灣工作船港池內(nèi)建吳淞水文站。同年在蘇州河與黃浦江交會處建立黃浦公園水文站。

民國10年（1921年）4月2日，上海港設(shè)立佘山基巖標(biāo)，簡稱佘山基點(diǎn)（EOSE）。

民國13年（1924年）12月，周家嘴島（今復(fù)興島）吹填開工，民國24年吹填成陸，面積1700余畝。

民國17年（1928年）2月，浚浦局參建的江海關(guān)大廈（中山東一路13號）落成。浚浦局遷人大廈辦公。

民國18年（1929年）3月，岸線管理劃歸上海市港務(wù)局接管，將原規(guī)定修訂成《市民使用岸線規(guī)則》。

民國33年（1944年），浚浦局在吳淞驗(yàn)潮站旁設(shè)置永久性水準(zhǔn)基石，定名“吳淞水準(zhǔn)基點(diǎn)”。

1962年1月6日，上海河道工程局將“海航”、“港浮”、“港橋”、“利翔”、“東測4”號等船組成上海港第一支航標(biāo)船隊(duì)。

1970年11月1日，上海港務(wù)局張家港裝卸區(qū)正式開港投入生產(chǎn)。

1973年，上海港對外貿(mào)件雜貨碼頭和煤炭泊位進(jìn)行機(jī)械化改造。

1974年2月15日，中華南棧碼頭煤炭裝卸機(jī)械化作業(yè)線正式動工。

1975年7月，上海港務(wù)局動工興建的陳山原油碼頭竣工投產(chǎn)使用（同年12月劃歸上海石化總廠領(lǐng)導(dǎo)）。

1982年5月20日，上海航道局“航浚4009”輪赴墨西哥托波洛班港施工。

1984年6月19日，上海港與新奧爾良港簽訂友好港協(xié)議書。

1986年12月26日，楊家渡碼頭改造工程開工。

1987年1月10日，上海-武漢長江國際集裝箱專線運(yùn)輸開通。

1990年3月20日，寶山港區(qū)正式投入裝卸生產(chǎn)。

1992年10月8日，上海港與法國馬賽港結(jié)為友好港。

1993年10月30日，上海港外高橋港區(qū)一期工程建成投產(chǎn)。

1994年4月12日，上海港與韓國釜山港結(jié)為友好港。同年10月11日，上海港外高橋港區(qū)一期工程通過國家驗(yàn)收。同年11月9日上海港與加拿大溫哥華港結(jié)為友好港。

1995年3月7日，上海港與新西蘭奧克蘭港結(jié)為友好港；同年5月11日上海港與瑞典哥德堡港結(jié)為友好港。

1996年12月20日，上海港新港區(qū)羅涇煤碼頭一期工程建成投產(chǎn)。，

1997年1月15日，上海航標(biāo)區(qū)雞骨礁燈塔專項(xiàng)改造工程通過交通部驗(yàn)收。

1999年1月14日，外高橋港區(qū)一期碼頭集裝箱化改造工程通過國家驗(yàn)收；同年10月18日上海港首條長江支線船舶中轉(zhuǎn)起落駁應(yīng)急通道在寶山港務(wù)公司5號、6號泊位正式開通。

21世紀(jì)后，上海港先后建成外高橋三期和四期碼頭。

1996年1月，上海啟動建設(shè)國際航運(yùn)中心。

2002年6月，上海港洋山深水港區(qū)開工建設(shè)。

2005年12月10日，上海港洋山深水港區(qū)一期工程建成投產(chǎn)，洋山保稅港區(qū)同時啟用。

2009年9月16日，上海港洋山深水港區(qū)三期工程（二階段）通過國家竣工驗(yàn)收。 ^{[2]  [4-5]} 

上海港位于中國大陸海岸線中心、長江入海的咽喉，是中國自西向東以長江為橫軸線和自北向南以海岸線為縱軸線的交匯點(diǎn)。地理坐標(biāo)為北緯31°14′，東經(jīng)121°19′。上海港港區(qū)有黃浦江66.6公里及長江口南水道南岸106.5公里兩部分。上海港區(qū)陸域由長江口南岸港區(qū)、杭州灣北岸港區(qū)、黃浦江港區(qū)、洋山深水港區(qū)組成。沿海北距大連558海里，南距香港823海里，長江西溯重慶2399公里。上海港海港港口區(qū)面積3620.2平方公里。其中長江口水域3580平方公里；黃浦江水域33平方公里，港區(qū)陸域7.2平方公里。海港水域由長江口和杭州灣水域、黃浦江水域、洋山港區(qū)水域，以及長江口錨地水域、綠華山錨地水域組成。 ^{[1]  [1]  [6]  [2]  [7]} 

上海港口的間接經(jīng)濟(jì)腹地主要有浙江南部、江蘇北部、安徽、江西，以及湖北、湖南、四川等省。港口物資流向腹地：包括浙江、江蘇、安徽、江西、湖北、湖南、四川、福建、河南、陜西、青海、甘肅、寧夏和新疆等地。 ^[2] 

上海港所在地，屬亞熱帶海洋性季風(fēng)氣候。受冬、夏季風(fēng)交替影響，四季變化分明。全年溫暖多雨。年平均氣溫約16℃，年降水量約1148.8毫米。 ^[2] 

上海港風(fēng)況以東南風(fēng)最多，西風(fēng)及東北風(fēng)次之，強(qiáng)風(fēng)為東北風(fēng)。1884-1981年98年間，影響嚴(yán)重的臺風(fēng)（風(fēng)力大于等于10級）有55次，臺風(fēng)持續(xù)時間最長達(dá)3天，最大風(fēng)速為43.9米/秒。上海港年平均霧日為25.5天，一般在上午10時前消散，終日不散的大霧極少出現(xiàn)。 ^[2] 

上海港所處的長江口和黃浦江潮汐屬非正規(guī)半日潮，吳淞口黃浦江水位特征值：最高高潮位5.74米，最低高潮位1.12米；最低低潮位一0.25米，最高低潮位3.33米；最大潮差4.48米，最小潮差0.02米，平均潮差2.31米（吳淞零點(diǎn)）。黃浦江漲落潮時為往復(fù)流，彎道附近水流較急。一般大汛漲潮流速1.34米/秒，落潮流速1.1米/秒；小汛漲潮流速0.67米/秒，落潮流速0.93米/秒，最大漲潮流速1.81米/秒；最大落潮流速1.51米/秒。 ^[7] 

2004年，上海港全年新開國際集裝箱班輪航線33條，其中歐洲、北美、中東、澳洲等遠(yuǎn)洋班輪航線21條，通達(dá)世界12大航區(qū)，與近200多個國家和地區(qū)的500余個港口建立了業(yè)務(wù)往來。 ^[8] 

截至2016年底，上海港已經(jīng)與全球214個國家和地區(qū)的500多個港口建立了集裝箱貨物貿(mào)易往來，擁有國際航線80多條。 ^[3] 

截至2003年底，上海港集裝箱航班每月達(dá)1494班，其中：遠(yuǎn)洋航線279班，近洋航線416班。 ^[2] 

上海港公用碼頭生產(chǎn)用倉庫總面積計(jì)34.5萬平方米和散糧圓筒倉17萬立方米，生產(chǎn)用堆場總面積計(jì)177.6萬平方米，其中煤堆場28.3萬平方米；集裝箱堆場54.7萬平方米。

上海港共有各類裝卸機(jī)械計(jì)3256臺，其中起重機(jī)械類578臺，輸送機(jī)械類660臺，搬運(yùn)機(jī)械類980臺；另滬港合營的集裝箱碼頭有限公司擁有搬運(yùn)、專用機(jī)械204臺。

上海港務(wù)局共有港作船舶373艘，其中引水船4艘，消防船7艘，交通船18艘，供應(yīng)船11艘，清潔船5艘，帶纜船14艘。

上海港港區(qū)有滬寧、滬杭、滬青平、滬乍、嘉瀏等高速公路與江蘇和浙江對接，并聯(lián)通全國高速公路網(wǎng)；有204、312、318、320等四條國道分別通往煙臺、烏魯木齊、拉薩和昆明。 ^[2] 

上海港港區(qū)內(nèi)有鐵路與滬杭滬寧鐵路干線相連。其中滬寧線與津浦線聯(lián)結(jié)；滬杭線與浙贛、蕭甬線相銜，可通達(dá)中南、西南及浙東地區(qū)。 ^[2] 

上海港公用碼頭港區(qū)張華浜公司和軍工路公司以及南浦公司的開平碼頭備有鐵路專用線，1997年末計(jì)長9975米，其中裝卸線2334米。

上海港口經(jīng)營業(yè)務(wù)主要包括裝卸、倉儲、物流、船舶拖帶、引航、外輪代理、外輪理貨、海鐵聯(lián)運(yùn)、中轉(zhuǎn)服務(wù)以及水路客運(yùn)服務(wù)等。

上海港口主要經(jīng)營的貨類為集裝箱、煤炭、金屬礦石、石油及其制品、鋼材、礦建材料、機(jī)械設(shè)備等。 ^[2] 

清初至鴉片戰(zhàn)爭前夕，上海港口貨物吞吐量增至200萬噸。

1931年，上海港貨物吞吐量增至1400萬噸，進(jìn)口船舶凈噸位達(dá)到2100萬噸。

1949年，上海港全年完成貨物吞吐量149萬噸。

1957年，上海港口貨物吞吐量達(dá)到1649.4萬噸。

1966年，上海港口貨物吞吐量達(dá)到3697.2萬噸。

1976年，上海港港口貨物吞吐量5461.3萬噸。

1978年，上海港港口貨物吞吐量7954萬噸。

1988年，上海港吞吐量達(dá)到13320萬噸。

1988年，上海港旅客發(fā)送量679萬人次。 ^[9] 

2003年，上海港貨物總吞吐量3.16億噸中，煤炭及制品5682.3萬噸，金屬礦石4098.5萬噸，礦建材料2533.8萬噸，鋼鐵2112.2萬噸，油氣及制品2109.6萬噸，機(jī)械設(shè)備1907.7萬噸。集裝箱貨物10225.1萬噸，占全港貨物總吞吐量的32.35%。 ^[2] 

2014年，上海港貨物吞吐量7.55億噸，集裝箱吞吐量3528.5萬標(biāo)準(zhǔn)箱。 ^[10] 

2015年，上海港年貨物吞吐量達(dá)7.17億噸，其中集裝箱吞吐量3653.7萬標(biāo)準(zhǔn)箱。

2016年，上海港完成貨物吞吐量7.02億噸，完成集裝箱吞吐量3713萬標(biāo)準(zhǔn)箱。 ^[3] 

1985年，上海港客運(yùn)總站被交通部授予“文明客運(yùn)站”榮譽(yù)稱號。

2007年，上海港羅涇港區(qū)二期工程水工碼頭D標(biāo)工程獲得上海市水運(yùn)工程優(yōu)質(zhì)結(jié)構(gòu)獎。 ^[11] 

2009年，上海港羅涇港區(qū)二期工程獲得交通部優(yōu)質(zhì)工程獎。 ^[11] 

2011年，上海港羅涇港區(qū)二期工程獲得國家優(yōu)質(zhì)工程金質(zhì)獎。 ^[11] 

上海港洋山港區(qū)四期碼頭是中國經(jīng)濟(jì)融入全球經(jīng)濟(jì)的重要象征，它將進(jìn)一步推動中國貿(mào)易和投資自由化便利化。（時任中央政治局常委，國務(wù)院總理李克強(qiáng)評價） ^[12]