1978年，于第三軍醫(yī)大學(xué)本科畢業(yè)。

1981年、1989年在第四軍醫(yī)大學(xué)分別獲碩士和博士學(xué)位。

1985年、1991年先后赴日本東京國立癌癥中心和比利時魯汶大學(xué)深造。

2001年，當(dāng)選為中國工程院院士。

2008年，當(dāng)選第十一屆全國人大代表。

2010年6月11日，當(dāng)選為中國工程院副院長。

2013年6月29日，受聘為南開大學(xué)榮譽教授。 ^[1] 

2013年10月21日，當(dāng)選美國醫(yī)學(xué)科學(xué)院（Institute of Medicine of the National Academies）外籍院士。

歷任第四軍醫(yī)大學(xué)西京醫(yī)院消化內(nèi)科醫(yī)師、助教、主治醫(yī)師、講師、副教授、主任醫(yī)師、教授，消化內(nèi)科副主任、主任，內(nèi)科教研室副主任、主任，第四軍醫(yī)大學(xué)副校長、校長。

曾任中國工程院副院長、第四軍醫(yī)大學(xué)校長、中華消化學(xué)會主任委員、2013年世界消化病大會主席等職。

現(xiàn)任第十三屆全國人大教科文衛(wèi)委員會委員、中國抗癌協(xié)會理事長、亞太消化學(xué)會副主席、空軍軍醫(yī)大學(xué)西京消化病醫(yī)院院長、腫瘤生物學(xué)國家重點實驗室主任、國家消化疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心主任、國家藥物臨床試驗機構(gòu)主任。 ^[3] 

第十三屆全國人民代表大會代表 ^[4] 

中華消化學(xué)會主任委員、中華內(nèi)科學(xué)會副主任委員、中國抗癌協(xié)會副理事長、亞太胃腸病學(xué)會常務(wù)理事兼獎勵委員會主席等學(xué)術(shù)職務(wù)，國家教育部長江學(xué)者獎勵計劃特聘教授，先后擔(dān)任過國內(nèi)外25家醫(yī)學(xué)雜志的編委、副主編或主編，近20年來先后兼任過北京大學(xué)等69所大學(xué)的客座教授或名譽教授。2008年在9月中旬結(jié)束的亞太地區(qū)消化病學(xué)會會議上，樊代明院士榮選亞太地區(qū)消化病學(xué)會常務(wù)理事兼國際事務(wù)委員會主席，吳開春教授榮選亞太地區(qū)消化病學(xué)會常務(wù)理事兼科技獎勵委員會主席。

樊代明同志長期從事消化系疾病的臨床工作及基礎(chǔ)研究工作，特別是學(xué)成歸國后以胃癌的基礎(chǔ)和臨床研究為主攻方向，做出突出成績：①應(yīng)用淋巴細胞雜交技術(shù)建立多株特異性強、免疫活性高的胃癌單克隆抗體細胞系，并應(yīng)用現(xiàn)代免疫學(xué)方法從胃癌細胞中發(fā)現(xiàn)4種新的腫瘤抗原，命名為MGAgs，用以檢測人體組織、血液、胃液或腹水中的這類抗原，對胃癌的早期診斷和定性診斷有重要應(yīng)用價值，受到了國際同行臨床應(yīng)用驗證和肯定；②應(yīng)用細胞工程及免疫學(xué)技術(shù)加以改進，研制成功10種針對MGAgs的胃癌單抗，其特異性強、靈敏度高。用細胞工程與基因工程技術(shù)相結(jié)合，研制出胃癌血清學(xué)診斷——免疫PCR技術(shù)，開創(chuàng)了胃癌特異性血清學(xué)診斷的先例，提高了胃癌的血清診斷陽性率，并可檢出部分早期胃癌，該項成果獲得了國家專利、國家新藥證書及生產(chǎn)文號。③率先建立4個胃癌耐藥細胞系，從中發(fā)現(xiàn)一個新的耐藥分子，命名為MGr-Ag，克隆成功其基因序列并被GenBank收錄。④發(fā)現(xiàn)MGAgs在癌細胞膜上的密度(數(shù)量)與局部免疫活性細胞的總數(shù)，各亞群的比值及其布態(tài)明顯相關(guān)，且能激發(fā)人體明顯的抗瘤及抗轉(zhuǎn)移反應(yīng)。⑤應(yīng)用基因重組技術(shù)建立多種針對胃癌抗原的特異性疫苗，并在胃癌的基礎(chǔ)研究中獲重大進展，引起國際同行關(guān)注。此外，他還首先研制成功針對骨形成蛋白生物活性位點的單克隆抗體，為骨創(chuàng)傷及某些骨病的研究提供了新手段。

先后承擔(dān)國家863計劃、973計劃、國家攻關(guān)、國家重大支撐、國家自然科學(xué)基金等課題，是首批國家優(yōu)秀中青年人才專項基金及國家杰出青年基金的獲得者，首批創(chuàng)新研究群體學(xué)術(shù)帶頭人。先后擔(dān)任Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology、Gut、Hepatology等13本國際雜志的編委、副主編或主編。在Lancet、Nature Medicine、Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology、Nature Clinical Practice Oncology、Gut等國外雜志發(fā)表SCI論文651篇，單篇最高影響因子45分，論文被引用逾2萬次以上。 ^[3] 

樊代明同志在近30年的醫(yī)療、教學(xué)、科研、管理工作中，始終勤奮工作，艱苦奮斗，不僅學(xué)術(shù)造詣深厚，臨床經(jīng)驗豐富，科研能力卓越，工作作風(fēng)嚴謹，管理能力突出，在學(xué)科建設(shè)和人才培養(yǎng)上碩果累累。他先后診斷出世界第14例、中國第1例嗜紅細胞性淋巴瘤，世界第8例、中國第1例胰管、膽管血管瘺并上消化道頻繁出血。他個人多次獲得國家和軍隊的獎勵和肯定。其中，1991年獲國務(wù)院學(xué)位委員會“全國做出突出貢獻的中國博士學(xué)位獲得者”；1992年獲中國科協(xié)“中國青年科技獎”，并光榮當(dāng)選中共十四大代表；1993年獲國家衛(wèi)生部“全國首屆百名醫(yī)學(xué)科技之星稱號”；1994年被國家人事部批準為“國家有突出貢獻的中青年專家”；1995年入選國家“百千萬人才工程”第一層次人選；1996年被國家科委等八部委聯(lián)合授予“中國青年科學(xué)家獎”，并榮獲總后勤部首批科技金星；1997年被中組部授予“全國優(yōu)秀共產(chǎn)黨員”稱號；1998年獲中國科協(xié)“求是實用工程獎”；1999年被國家教育部批準為“長江學(xué)者獎勵計劃特聘教授”；2000年被國家自然基金委批準為首批創(chuàng)新研究群體學(xué)術(shù)帶頭人；2001年當(dāng)選中國工程院院士；2002年獲“全軍專業(yè)技術(shù)重大貢獻獎”；2003年獲“全國回國人員杰出成就獎”；2006年獲總后勤部“伯樂獎”。榮獲2010年度陜西省科學(xué)技術(shù)最高成就獎。2008年，由樊代明帶領(lǐng)的研究團隊由于在“胃癌惡性表型相關(guān)分子群的發(fā)現(xiàn)及其序貫預(yù)防策略的建立和應(yīng)用”方面的研究而獲得國家科技進步一等獎。

他所在的消化內(nèi)科是教育部批準的國家重點學(xué)科。自樊代明同志擔(dān)任學(xué)科主任以來，學(xué)科病床從原來的42床發(fā)展到174張，目前已成為國內(nèi)病房規(guī)模最大的消化科。他還積極謀劃未來，總面積3.3萬平方米、共19層、含10個病區(qū)370張病床的消化病大樓已經(jīng)封頂，今年即將投入使用，屆時將成為國際上規(guī)模最大的消化病專科醫(yī)院。消化科所屬實驗室是總后衛(wèi)生部批準的全軍消化病研究所和全軍重點實驗室。2004年在樊代明同志率領(lǐng)下，以該實驗室為主體并與兄弟學(xué)科聯(lián)合，申報國家重點實驗室，經(jīng)過科技部現(xiàn)場評估最后批準立項建設(shè)腫瘤生物學(xué)國家重點實驗室，成為全軍第二個、第四軍醫(yī)大學(xué)第一個國家重點實驗室，2006年順利通過驗收，掛牌成立。樊代明同志所帶領(lǐng)的學(xué)術(shù)隊伍于2001年成為國家自然科學(xué)基金委批準的“創(chuàng)新研究群體”（首批全國醫(yī)學(xué)界唯一一個）獲資助360萬元，并于2004年首屆期滿后，成績突出，獲延續(xù)資助360萬元。該群體包括院士1名，“長江學(xué)者計劃”特聘教授3名，國家杰出青年基金獲得者4名，有18人先后從美、英、日等國學(xué)成歸來。自擔(dān)任研究生導(dǎo)師以來，先后招收和培養(yǎng)博士后5名、博士64名、碩士62名，他培養(yǎng)的研究生有30名已晉升為高級職稱，1人獲總后十大杰出青年，榮立一等功，18人已成為軍醫(yī)大學(xué)或軍區(qū)總院、中心醫(yī)院的學(xué)科主任或副主任。他所帶領(lǐng)的團隊還積極參與國內(nèi)外學(xué)術(shù)交流，不斷提高學(xué)術(shù)水平，擴大學(xué)術(shù)影響。僅2005年就先后擔(dān)任中日交流峰會大會主席和韓國2005亞太消化病周（APDW）分會共同執(zhí)行主席。2001年以來，組織召開了國際學(xué)術(shù)會議3次（2001年中歐消化系疾病研討會、2002年第六屆國際消化內(nèi)鏡會議、2004年第三屆中日癌癥研討會）。2002年來應(yīng)全國各地的邀請，由他帶領(lǐng)該科6名教授組成的“微創(chuàng)技術(shù)講師團”，足跡踏遍全國25個省市自治區(qū)、全軍17個不同軍兵種醫(yī)院，舉辦專題講座并作現(xiàn)場演示，深受同道歡迎。2009年1月獲得中國科學(xué)技術(shù)一等獎。

2017年6月23日，樊代明獲科學(xué)中國人2016年度人物之杰出大學(xué)校長獎。 ^[2]