莊輝1961年9月起在中山醫科大學任教；1963年1月調入北京大學醫學部工作至今。先后3次赴澳大利亞維多利亞州立傳染病參比實驗室（兼世界衛生組織病毒參考、生物安全性和協作研究中心）作訪問學者。1991年5月至8月任日本大學醫學院第一病理學教研室客座教授。2001年當選為中國工程院醫藥衛生學部院士。現為北京大學基礎醫學院病原生物學系教授。

北京大學醫學部基礎醫學院微生物學系教授、博士生導師；

世界衛生組織西太區消滅脊髓灰質炎證實委員會委員；

世界衛生組織西太區控制乙型肝炎專家工作組成員；

世界肝炎聯盟公共衛生學專家；

國務院學位委員會學科評議組；

國家藥典委員會委員；

衛生部肝炎防治領導小組成員；

衛生部病毒性肝炎專家咨詢委員會；

中國生物制品標準化委員會委員；

中華預防醫學會副會長；

中華醫學會理事；

中華醫學會肝病學會分會名譽主任委員等。

《中國病毒病雜志》、《中國預防醫學雜志》、《國外醫學病毒學分冊》主編；

《中華肝臟病雜志》、《中國公共衛生》、《中華流行病學雜志》；

《中華實驗和臨床病毒學雜志》、《中西醫結合肝病雜志》；

《中國生物制品學雜志》、《中國輸血雜志》、《疾病控制雜志》；

Hepatology International 等十余種期刊的顧問、名譽總編、總編、常務編委或編委。

世界衛生組織病毒性肝炎技術咨詢小組成員；

國際戊型肝炎研究會副主席；

亞太地區公共衛生學術聯合會理事；

全國博士后管委會專家組；

衛生部藥品審評委員會委員；

北京醫科大學公共衛生學院院長和北京市肝炎研究所副所長等。

主要從事病毒性肝炎研究。

莊輝研制成功"戊型肝炎病毒IgG抗體酶聯免疫測定試劑盒"和"乙型肝炎病毒表面抗原膠體金試紙條"等。在國內外學術期刊上共發表論文450余篇，參加編寫英文專著5冊，中文專著30余冊，譯著1冊。曾主持國家《七五》、《八五》、《九五》攻關課題；參加國家《十五》攻關課題、973計劃、863計劃、國家科委重大專項課題、國家科技攻關計劃引導項目、中比和中日科研合作課題(中方主持人)等。

首先證實中國存在流行性和散發性戊型肝炎；總結了中國戊型肝炎臨床和流行病學特征；提出戊型肝炎流行和散發與病毒基因型無關，而與流行因素有關；發現戊型肝炎開放讀框3抗原主要與急性期抗體有關，而開放讀框2抗原則與恢復期抗體關系密切；在國內首先建立戊型肝炎實驗室診斷技術和獼猴動物模型；研制成功“戊型肝炎病毒IgG抗體酶聯免疫測定試劑盒”和“乙型肝炎病毒表面抗原膠體金試紙條”等，在國內外學術期刊上共發表論文400余篇，其中30篇被SCI收錄，引用250余次。2001年當選為中國工程院院士。

獲三項國家新藥證書。先后獲國家科技進步二等獎兩項，衛生部科技進步一等獎、北京市科技進步一等獎、浙江省科技進步一等獎和美國專利各一項。

1999年12月“乙型肝炎表明抗原膠體金試劑盒”獲中國藥品監督管理局頒發的新藥證書；

1998年8月“戊型肝炎病毒IgG抗體酶聯免疫測定試劑盒”獲中國藥品監督管理局頒發的新藥證書；

1999年3月“戊型肝炎病毒分子生物學、血清學、診斷方法及散發性戊型肝炎研究”獲國家科技進步二等獎；

1993年12月“戊型肝炎病原學及流行病學研究”獲國家科技進步二等獎；

1992年6月“戊型肝炎病原學及流行病學研究”獲衛生部科技進步一等獎；

1997年8月“戊型肝炎病毒分子生物學、血清學及散發性戊型肝炎研究”獲衛生部科技進步二等獎；

1998年10月“庚型肝炎病毒分子生物學、實驗室診斷、動物感染及流行病學研究”獲教育部科技進步二等獎(基礎類)；

2003年2月“ImmunoreactiveantigensofhepatitisEvirus”獲美國專利(US6，514，690B1)；

2004年6月“新型冠狀病毒(N蛋白)測定試劑盒(化學發光法)”獲中國藥品監督管理局頒發的新藥證書；

2005年1月“戊型肝炎病毒基因4型及其分子生物學和家畜感染研究”獲中華醫學科技獎一等獎”等。